Arbeitsgemeinschaften befassen sich mit Themen, die mehrere oder alle Subspezialitäten der Augenheilkunde betreffen. Sie versammeln unter einem Dach Augenärzte, die (nicht zwingend) in Sektionen mitwirken und die ein gemeinsames Interesse verbindet. Zentraler Zweck dieser Organisationsform ist die Vernetzung.
Die Mitarbeit in Arbeitsgemeinschaften und Sektionen steht grundsätzlich allen Mitgliedern offen.